Selama di Tebuireng, Gus Dur aktif memberikan pemikiran segar dalam mengembangkan pesantren. Salah satunya, tahun 1974 Gus Dur mengusulkan agar Pesantren Tebuireng membuka sekolah umum SMP dan SMA. Usulan ini baru terealisasi di tahun 1975. Terkait usulan ini, Gus Dur mampu meyakinkan KH. M. Yusuf Hasyim. Setela mendengarkan alasan yang dikemukakan Gus Dur, Kiai yang dikenal adaptif dengan perkembangan itu akhirnya pun menyetujui usulan itu. Meski tak semua Kiai Tebuireng tak sepemikiran dengan beliau.
Saat wacana pendirian SMP-SMA di lingkungan Pesantren Tebuireng, banyak orang yang tidak setuju. Karena jika unit umum berdiri di lingkungan pesantren, maka unit pendidikan MTs dan Aliyah akan mati. Inilah yang ditakutkan olah pihak-pihak yang tidak menyetujui wacana Gus Dur dalam pendirian SMP-SMA. Namun dalam kacamata Gus Dur, logika semacam itu justru terbalik. Menurutnya, dengan keberadaan SMP-SMA, juga akan dapat meningkatkan jumlah santri Tebuireng. ternyata setelah dua-tiga tahun berjalan, jumlah murid SMP-SMA bertambah, begitu pula jumlah murid MTs-Aliyah juga ikut bertambah. Persis seperti apa yang diwacanakan oleh Gus Dur.
Pola pikir semacam ini juga terulang ketika Gus Sholah hendak membuka fakultas umum di UNHASY. Beberapa kalangan memiliki kekhawatiran jika fakultas umum dibuka,, maka fakultas agama akan kalah bersaing. Namun faktanya, seiring waktu pertambahan jumlah mahasiswa di fakultas umum, juga diikuti oleh pertambahan jumlah mahasiswa di fakultas agama. Mengapa hal itu dapat terjadi?, menurut Pak Muhsin, jika Lembaga pendidikan semakin ramai dengan varian keilmuannya, maka akan semakin banyak diminati masyarakat.
Memang tidak bisa dipungkiri, bahwa pola pikir kebanyakan orang selalu diselimuti oleh perasaan serba takut, serta kuatir. Wacana-wacana kemajuan yang dilontarkan Gus Dur muda saat di Tebuireng memang sudah melampaui masanya. Sebagaimana kita ketahui pikiran-pikiran maju Gus Dur yang dipandang penuh kontroversial belakangan ini. Dalam ilmu ekonomi, pola pikir ini senada dengan teori pemasaran, Jika suatu bisnis sudah berjalan baik, untuk memperluas pangsa pasar bisa dilakukan dengan cara menambah produk serta layanan baru. Agaknya teori ini telah dipahami dengan baik oleh Gus Dur.
Selain itu, dalam pendirian Lembaga pendidikan umum di Terbuireng, Gus Dur beralasan karena banyak anak-anak muslim di Jombang selatan ini yang meneruskan sekolah di Wijana, sekolah Kristen katolik di Jombang. Sekolah wijana menjadi alternatif bagi anak-anak Jombang selatan karena biayanya sangat terjangkau bagi ukuran keluarga kelas menengah ke bawah. Di samping itu, pelayanan yang diberikan sekolah wijana sangat baik, sehingga banyak masyarakat Jombang yang tertarik untuk menyekolahkan anaknya di sekolah Wijana.
Pemikiran-pemikiran “beyond the time” Gus Dur yang pendapat pertentangan dari sebagian pihak di Tebuireng membuat Gus Dur seperti ikan yang berenang tidak pada habitatnya. Pemikiran-pemikiran Gus Dur terlalu besar untuk dipahami oleh orang-orang Tebuireng kala itu. Hingga ada anggapan bahwa tebuireng terlalu kecil untuk sosok seperti Gus Dur. Pandangan Gus Dur yang tanpa batas menjadi terpagari oleh orang-orang di sekitarnya. Gus Dur mulai merasa sempit dengan kapasitas pemikirannya yang mulai terbatasi, tak semua dapat terekspresikan sesuai espektasi Gus Dur.
Tahun 1977 pun Gus Dur membuka peluang untuk mencari tempat lain yang dapat menerima pikiran-pikirannya. Ibu kota Jakarta dianggap Gus Dur sebagai habitat yang sempurna baginya untuk menuangkan pikiran-pikiran majunya. Dan orang ibu kota tentu akan lebih terbuka dan dapat menerima pikiran dan gagasan Gus Dur. Hingga selang setahun kemudian, tahun 1978 Gus Dur benar-benar pindah ke Jakarta. “Muhsin, Kamu tetap di Tebuireng saja ya, saya mau pindah ke Jakarta”.. ucap Gus Dur, “Loh, ada apa Gus?”, “Tebuireng terlalu kecil, saya ingin mencari tempat yang lebih luas untuk mengembangkan perjuangan”.. jawabnya. “Oh, nggeh Gus, ndereaken..”.
Sebenarnya, ide dan gagasan Gus Dur di Tebuireng mendapat dukungan dari KH. M. Yusuf Hasyim. Namun karena keterbatasan SDM, pikiran-pikiran Gus Dur menjadi terasa jauh dari kenyataan. kala itu, belum banyak orang yang dapat mengikuti pemikiran maju Gus Dur, seperti kebanyakan kalangan muda NU sekarang. bahkan termasuk beberapa dosen UNHASY sendiri juga terlihat ada jarak yang membentang dengan pemikiran Gus Dur. Namun, sepeninggal Gus Dur, jejak peninggalan pemikiran Gus Dur terus berkembang hingga sekarang, seperti Perpustakaan dan Unit pendidikan Umum SMP dan SMA. Entah kebetulan atau disengaja, ketiga lembaga itu semua diberi nama A. Wahid Hasyim, sang ayah.